当今人们对果实的质量要求也越来越高，除了使用复合微生物菌剂、喷浆造粒、氨基酸冲施肥等一些有机肥外，猪牛羊粪等有机肥料的施用也越来越受到重视。但是，有些农户施用基肥时却是未腐熟的有机肥料，给果树造成了很多隐患。

1、灼烧根系

来源于动物粪便有机肥未腐熟时，其养分状态是缓效性，不能被果树根系直接吸收和利用。如果将其施入，会发生“二次发酵”的现象，在地下腐熟过程中易产生热量造成根部灼伤（俗称“烧根”），引发根腐病。当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时会导致植株死亡。

2、营养释放与树体需肥不同步

秋季施入未腐熟的有机肥，由于土壤温度低，在地下腐熟需较长时间，第二年春季树体需要大量营养物质，而缓慢腐熟的有机肥所释放出的有限有机营养无法满足树体需要，同时，在腐熟过程中微生物还会消耗掉一部分土壤原有的营养元素（如氮肥），树体往往表现营养不良。进入夏秋季后，雨量增加，地温快速上升，腐熟速度加快，释放出更多的可被树体吸收的有机营养物质，导致树体生长加快，大量冒条，果实着色不良，营养生长过剩，花芽分化能力差，树体营养供给失调，使大量有机营养物质白白浪费。

3、滋生地下越冬害虫

未腐熟的有机肥由于含有大量动物性有机质，成为许多果树害虫的理想越冬场所，为为害果树的金龟子（蛴螬）、桃小食心虫、尺蠖、舟形毛虫、梨花网蝽创造生长条件，对虫害防治极为不利。

4、产生有害气体

未腐熟的粪便在分解的过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和果树产生酸害和根系损伤。

5、导致土壤缺氧

未腐熟的粪便在分解的过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使果树生长受到抑制。